1941年6月22日，希特勒发动了蓄谋已久的巴巴罗萨计划，550万德军分兵三路侵入苏联，伟大的卫国战争开始了。10月中旬，德军兵临莫斯科城下，德国人随时都能打进莫斯科。鉴于当时形势异常严峻，苏联政府决定将国家机构撤离莫斯科。
1941年10月15日，斯大林在上午9点向他的高级同僚发表了讲话。他们奉命组织全城撤退，当天傍晚前离开首都。古比雪夫(现在的萨马拉)是他们的目的地。
古比雪夫位于莫斯科以东1100公里处，是苏联新首都很自然的选择，原因有几个：
古比雪夫离莫斯科较近，有利于首都的撤离。对苏联的运作至关重要的国家机构、工厂和行政机构，不用花太长时间，就会恢复它们在新地方的工作。
古比雪夫驻扎有大批部队，可以获得相对严密的保护。苏联伏尔加军区总部就设在这座城市。这座城市也被认为是苏联的工业中心，容纳了工厂、机场和重要的铁路枢纽。
在决定命运的1941年10月15日上午，以斯大林为首的苏联国家国防委员会通过了绝密的第801号决议。它规定，总参谋部和人民国防委员会，人民海军委员会，外交使团，最高苏维埃主席团，苏联人民委员委员会都迁到古比雪夫，立即生效。
斯大林认为自己可能很快就需要离开莫斯科，于是他让自己在首都多待一天。他最亲密的伙伴——贝利亚、米高扬和柯西金也留在了莫斯科。
内务人民委员会主席贝利亚受命监督对工厂、仓库、机构和关键基础设施(包括莫斯科地铁)的破坏，这些设施不可能及时疏散到新首都）。
对首都关键基础设施的破坏，向焦虑的莫斯科居民发出了一个明确的信息：苏联领导人准备放弃首都。
尽管决议是保密的，但是关于首都疏散的消息还是迅速传开了。1941年10月16日上午，莫斯科地铁在历史上第一次未能开放，当时它正准备彻底拆除，这引发了谣言，苏联的首都可能最终会落入纳粹手中。
很快恐慌爆发了。许多人弃职弃产，奔向火车站，希望在敌军到来之前离开这座城市。全市混乱接踵而至。
事件的目击者里奥·拉斯基后来描述了匆忙疏散的一段经历：三点钟的时候，桥上发生了交通堵塞。人们没有把卡在桥上的卡车推下去，也没有消除交通堵塞，而是争先上车。那些坐在卡车里的人绝望地用行李箱打袭击者的头。攻击者们闯进卡车，将防守者像一袋袋土豆一样扔了出去。但是入侵者一坐下，汽车一试图移动，下一波人就向他们冲了过来。
苏联记者尼古拉•韦尔日比茨基在谈到那天莫斯科的恐慌时写道：“排队的人群中有人打架，老年妇女被勒死，年轻人抢劫。苏联警察在人行道上逗留了四个小时，还抽烟：‘(我们)没有得到指示。’”
苏联政府采取了激进的措施使莫斯科恢复正常。经过三天的混乱和恐慌，1941年10月19日，斯大林颁布了一项法令，在莫斯科实施戒严，禁止没有特殊许可证的车辆和人员在夜间移动，并允许警察当场射杀“煽动者”。这些情况在电影《莫斯科保卫战》中有所展示。
斯大林个人决定留在被包围的莫斯科也有助于安抚居民，因为许多人认为这是苏联红军将不惜一切代价保卫这座城市的信号。
由于红军的顽强战斗以及那些没有离开的城市居民的努力，纳粹没能占领莫斯科，也没能摧毁苏联武装部队。最终纳粹德国面临着与苏联持久战的前景。
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